Es lo último se está investigando en bonsái. Creemos por nuestra experiencia en agricultura que causan buen efecto y ya hemos estado practicando por más de 5 años teniendo un buen resultado en mejoras de enraizamiento, mayor crecimiento y defensa ante las enfermedades.
El suelo, hábitat natural de las plantas, lo es también de poblaciones numerosas y diversas de microorganismos (bacterias, hongos, algas, protozoos y virus). En el suelo en contacto con las raíces la vida de los microorganismos se dispara, y el número de éstos se cuenta por decenas de millones de individuos en un solo gramo de suelo. Los estudios sobre microorganismos del suelo se han centrado sobre todo en bacterias y hongos. Entre estos grupos de organismos los hay tanto patógenos como beneficiosos para salud de las plantas.
La mayoría de las plantas presentes en ecosistemas terrestres viven asociadas a ciertos hongos del suelo que colonizan sus raíces sin causarles daño alguno. Esta simbiosis se conoce con el nombre de “micorriza” (hongo-raíz), y los beneficios de la asociación repercuten tanto en el hongo, que obtiene azúcares sintetizados por las hojas de las plantas, como en la planta, que aumenta su capacidad de absorción de nutrientes y de agua. Aunque las micorrizas más famosas en bonsái son las que aparecen en pinos y otras coníferas, el 80% de especies vegetales conocidas forman lo que se denomina endomicorrizas (a diferencia de las de pino, que son ectomicorrizas). La diferencia fundamental está en el desarrollo del micelio del hongo.
Ectomicorrizas el micelio del hongo es externo, se desarrolla sobre y en el interior de las raíces pero sin penetrar dentro de las celulas radiculares. En consecuencia es visible a simple vista formando una envoltura blanquecina, amarilla… claramente identificable cuando trasplantamos un pino. Muchos géneros de hongos forman este tipo de micorriza. En otoño y primavera fructifican formando setas.
Endomicorrizas gran parte del micelio se desarrolla dentro de la estructura celular de la raíz. Esto hace imposible su visualización a no ser que se usen técnicas de microscopia y tinción. Estas micorrizas son típicas de herbáceas, frutales, etc. Parece ser que existen pocos géneros de hongos formadores de endomicorrizas que, sin embargo, llegan a colonizar a la mayoría de especies vegetales que se conocen actualmente. Los hongos endomicorrizógenos más habituales pertenecen al género Glomus y Gigaspora.